「check-in」と「check in」の両方を見かけますが、入れ替えて使用することは可能ですか？

いいえ、入れ替えて使用することはできません。

「check-in」の場合、名詞または形容詞になります。また、「check in」のように二つの単語で表す場合、句動詞になります。

「check-in」が名詞の場合：

There was a problem with the check-in.

チェックインに問題があった。

「check-in」が形容詞の場合：

He’s looking for the check-in button on his app.

彼は、アプリでチェックインする為のボタンを探している。

※「checkout」、「checkup」は一単語として使用されますが、「checkin」は使用されません

「check in」（句動詞）の場合：

He always checks in to his flights from his smartphone.

彼はいつもスマホから飛行機にチェックインをしている。

参考：Grammarist

「into」と「in to」は、どのように区別して使用されますか？

以下のように区別して使用されます。

①「into」の場合：

一般的に「〜の中に（入れる）」、「〜に（変化する）」、「〜に（ぶつかる）」と、表したい時に使用される前置詞です。

He poured water into the bottle.

彼はボトル（の中）に水を入れた。

The ice changed into water.

氷は水に変化した。

He bumped into the wall.

彼は壁にぶつかった。

②「in to」の場合：

「in」と「to」は一般的に前置詞として使用されますが、「in to」の場合は、「in」は句動詞の一部である副詞であり、「to」は前置詞またはto不定詞の「to」になります。

※前置詞は名詞（句）を修飾します。従って、前置詞「in」が前置詞「to」を修飾することはありません。

He checked in to the hotel. ※句動詞「check in」の副詞「in」と前置詞「to」

彼はホテルにチェックインした。

He often drops in to say hi. ※句動詞「drop in」の副詞「in」とto不定詞の「to」

彼は、よく挨拶をしに立ち寄る。

「Check-in」のように「check」と「in」の間に「-（ハイフン）」がある場合は、名詞または形容詞になります。また、「check in」のように「-（ハイフン）」がない場合は、動詞になります。

I was late for check-in.（名詞）

私は、チェックインに遅れた。

I couldn’t find the check-in counter.（形容詞）

私は、チェックインカウンターを見つけられなかった。

I have to check in.（動詞）

私は、チェックインしなければいけない。

※「Checkout」や「checkup」は、ハイフン無しで名詞または形容詞になりますが、「check-in」はハイフンが必要です。