「check-in」と「check in」の両方を見かけますが、入れ替えて使用することは可能ですか？

いいえ、入れ替えて使用することはできません。

「check-in」の場合、名詞または形容詞になります。また、「check in」のように二つの単語で表す場合、句動詞になります。

「check-in」が名詞の場合：

There was a problem with the check-in.

チェックインに問題があった。

「check-in」が形容詞の場合：

He’s looking for the check-in button on his app.

彼は、アプリでチェックインする為のボタンを探している。

※「checkout」、「checkup」は一単語として使用されますが、「checkin」は使用されません

「check in」（句動詞）の場合：

He always checks in to his flights from his smartphone.

彼はいつもスマホから飛行機にチェックインをしている。

参考：Grammarist