「a pretty, smart friend」と「a pretty smart friend」に違いはありますか？

「pretty」と「smart」の間に「,（コンマ）」があるのとないのとでは、意味が変わってしまいます。

①「a pretty, smart friend」のように「,（コンマ）」がある場合：

形容詞「pretty（可愛い）」と「smart（頭が良い）」が共に名詞「friend」を修飾して、「可愛くて頭が良い友達」という意味になります。
※「a pretty and smart friend」のように「,（コンマ）」を「and」と入れ替えることもできます

②「a pretty smart friend」のように「,（コンマ）」がない場合：

「pretty」は「結構、かなり」という意味を持つ副詞の役割になり、形容詞「smart（頭が良い）」を修飾して「結構頭が良い友達」という意味になります。

「pretty」は「綺麗/可愛い」という意味以外に、意味を持ちますか？

はい、持ちます。「pretty」は形容詞の場合、「綺麗/可愛い」という意味を持ちます。但し、副詞の場合は、「かなり、けっこう」という意味を持ち、形容詞か副詞の前に来て、それらを修飾します。

①「pretty」が形容詞の場合：

She is pretty.

彼女は綺麗だ。

②「pretty」が副詞の場合：

He is pretty tall.（形容詞の前に来る副詞）

彼はかなり背が高い。

He walked pretty quickly. （副詞の前に来る副詞）

彼はかなり早く歩いた。