「Endangered species」と「extinct species」の違いは何ですか？

その「種」の生き物が少しでも残っているか、既に絶滅しているかの違いになります。「Endangered species」は「絶滅危惧種」を指し、「extinct species」は「絶滅種」を指します。

The African wild dog is one of the endangered species in southern Africa.

アフリカン・ワイルド・ドッグは南部アフリカの絶滅危惧種の一種である。

In 2011, West African Black Rhinoceros was officially declared as an extinct species.

2011年にWest African Black Rhinocerosは正式に絶滅種として宣言された。

参考：www.onekind.org

動物の場合、代名詞はいつも「it」になりますか？

一般的に単数の代名詞である「he/she」は人に対して使用され、「it」は人間以外の物や事などが使用されます。

少し専門的になりますが、AP Style（アメリカで採用されている記事を書く際の基準）では名前のない動物の単数代名詞に、「it」が使用されます。名前のある動物で性別が分かっている場合は、「he」と「she」を区別して使用されます。

※動物が複数である場合、名前の有無と性別関係なく、代名詞は複数の「they」になります。

① 名前のない動物の場合は、「it」を使用します。

It ran into the woods to hide.

② 名前のある動物の場合は、「he/she」を使用します。

She ran into the woods to hide.（メスの動物の場合）

参考：AP Stylebook