一般的には区別せずに使用されていますが、航空業界内では以下のような区別があるようです。

因みに、「layover」と「stopover」以外にも「connection」や「transit」ということもあります。尚、この場合は「乗り継ぎ」の行為そのものを指しており、乗り継ぎ時間については考慮していません。
また、「接続便、乗り継ぎ便」のことは一般的に「connecting flight」といいます。

参考：USA Today、Tripsavvy.com

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