「How come?」は何を聞かれていますか？

「How come?」は「Why?」のカジュアルな聞き方です。
従って、「どのように」または「なぜ（起きたか）」を聞く為に使用されます。

How come you didn’t come to work yesterday?

Why didn’t you come to work yesterday?

あなたは、なぜ昨日仕事に来なかったのですか？

※「How come」を使用する場合、主語（「you」）と動詞（「didn’t」）の順番が「why」を使用する場合と異なります。

「Because」と「because of」の使用はどのように区別しますか？

理由を文で説明するか、名詞で説明するかの違いです。

「Because」の後は、文（S（主語）＋ V（動詞）～）で理由を説明します。

He had to walk to school because the train was delayed.

電車が遅延していたので、彼は学校まで歩かなければいけなかった。

「Because of」の後は、理由を名詞で説明します。

He had to walk to school because of the train delay.

電車の遅延により、彼は学校に歩いて行かなければいけなかった。