特にルールはないようです。アメリカ政府が指定している頭字語でも、含まれる場合もあれば、含まれない場合もあります。
前置詞（of）の場合：
BLS = Bureau of Labor Statistics（労働統計局）
※「of」が頭字語から除外
FOIA = Freedom of Information Act（情報公開法）
※「of」が頭字語に含まれる
冠詞（the）の場合：
DOI = Department of the Interior（内務省）
※「the」が頭字語から除外
SCOTUS = Supreme Court of the U.S.（アメリカ合衆国最高裁判所）
※「the」が頭字語に含まれる
接続詞（and）の場合：
FDA = Food and Drug Administration（食品医薬品局）
※「and」が頭字語から除外
NHANES = National Health and Nutrition Examination Survey（国民健康栄養調査）
※「and」が頭字語に含まれる
難易度：—
関連リンク：「太平洋時間」の頭字語「PT」、「PDT」、「PST」の違いは？